تاریخ پیدایش نینجاها چندان مشخص نیست اما بسیاری از منابع به حوالی قرن ۱۴ اشاره می‌کنند و لغت «شینوبی» نیز تا قرن ۱۵ دیده نشده است.

ماهیت مرموز نینجاها، در قرن اخیر توجه مردم ژاپن و سپس کل دنیا را جلب کرد و آن را به بخشی ازفولکلور و افسانه‌های ژاپن تبدیل کرد. نتیجه این افسانه‌سازی، مشکل‌تر شدن جدا کردن افسانه از واقعیت بود تا حدی که قابلیت‌های فراطبیعی مثل نامرئی شدن و راه رفتن روی آب، به نینجاها نسبت داده شد و این شخصیت، به شکل فیلم و داستان به فرهنگ عامه تمامی جهان، راه یافت. از واژه نینجوتسو برای توصیف فعالیت‌های مختلف نینجاها استفاده می‌شود.

نینجاها با رنگ لباس تیره خود و پوشیدن نقاب همواره نمادی از ترس و دلهره برای سامورایی ها مطرح بوده اند. برعکس سامورایی ها که از سلاح شمشیر به عنوان سلاح اصلی خود استفاده میکردند، نینجاها هر ابزاری را که می توانستند برای رسیدن به هدف خود به کار گیرند به عنوان سلاح در نظر می گرفتند. این تنوع در بکار گیری سلاح از آنان مبارزانی مخوف و راز آلود ساخته بود. شاید معروف ترین سلاح یک نینجاشورایکن یا ستاره نینجا باشد که تقریبا نماد این افراد یا این هنر نیز شده است. ستاره نینجا یا شورایکن سلاحی بود که از فاصله به طرف دشمن پرتاب میشد و با زخمی کردن یا کشتن حریف و دشمن او را از مقابله با نینجاها باز می داشت. توانایی این افراد در جاسوسی در گرو تغییر چهره و استتار آنها بود که ایشان از کودکی آنرا فرا می گرفتند و اساتید این هنر بودند.